La tradición dice que fue fundada por Jaume I en una antigua mezquita, pero el edificio actual fue construido en el siglo XIV. Es considerada una de las iglesias más antiguas de la ciudad y fue durante mucho tiempo un foco cristiano después de la conquista cristiana. Este templo cristiano es un excelente ejemplo del llamado gótico de la conquista difundido por las órdenes mendicantes. Roderic de Borja (futuro Papa Alejandro VI) recibió el sacramento del bautismo en esta iglesia en 1432.

La iglesia de Sant Pere Apóstolo data del siglo XIV y se encuentra en el centro del antiguo barrio del mercado. Su estructura era sencilla, de planta rectangular con arcos diafragma que dividían la nave en cuatro tramos, y una torre comunicada con el presbiterio. A lo largo de los años, el edificio sufrió varias transformaciones, siendo la más notable la que tuvo lugar tras el incendio de 1707, que le dio a la iglesia el diseño barroco y rococó de la época. Se cree que la ampliación de la nave y la instalación de capillas tuvo lugar antes del incendio.

El aspecto actual es el resultado de una restauración realizada entre 1988 y 1995, que permite observar las diferentes fases por las que ha atravesado el edificio (siglos XIV al XVIII). Destaca el original techo de madera policromada, así como el último tramo y el presbiterio, que quedaron con el techo rococó como testigo. También se retiraron las capillas y aparecieron 26 criptas en el sótano.