Fue construido en el siglo XVIII con un proyecto del arquitecto Carlos Amarante. Los cuerpos laterales fueron diseñados y construidos por José Fernandes Graça, apodado Landim y quien estuvo a cargo de la piedra y la escultura esbozada por Carlos Amarante. "Edificio de estilo barroco, la verticalidad de la Iglesia con sus dos torres contrasta con la horizontalidad de las instalaciones del hospital que se desarrollan simétricamente, creando un conjunto armonioso".

 

Las reliquias del cuerpo del apóstol y del obispo San Marcos, están en esta iglesia para la veneración de los fieles. La iglesia tiene la particularidad de venerar al Apóstol San Marcos y al Obispo San Marcos. Todo lleva a la creencia de que es el cuerpo del mismo Santo Apóstol, que se suponía que iba a desaparecer durante siglos. La presencia en Braga de muchos creyentes ortodoxos orientales tuvo la virtud de llamar la atención sobre este "hallazgo" apostólico.

D. Diogo de Sousa (Arzobispo de Braga, 1505-1532) está enterrado en la capilla principal de la Iglesia, en una tumba de jaspe blanca trabajada en mosaico.

Contra la fachada oeste del edificio se encuentra la capilla de S. Bentinho.

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En 2016, el pabellón norte se transformó en un hotel "Vila Galé", con la excepción de la Iglesia de San Marcos, la Capilla de S. Benito y la Farmacia de la Misericordia.